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• 作者：清暉 发布时间：2014-02-18 21:44:57

  学方法，为了史记。

• 作者：巨翅 发布时间：2018-04-23 03:19:16

  梵高眼中的自己，是“a man who must produce something with a heart and love in it”。他奋不顾身地投入艺术创作，毫无保留地爱着他的人类同胞，却常不被世人理解。弟弟Theo的全力支持因而更显得可贵。他所经历的孤独令人心碎。

• 作者：豆友3845089 发布时间：2013-03-02 15:51:51

  或许有点用

• 作者：贝断唔煌筷Si 发布时间：2017-06-22 11:09:03

  倒数第二章需要交互另外down的几个软件down不好，很生气。光盘里的小哥哥，那嗓音，简直是冷淡界的扛霸子！

• 作者：宝井伶 发布时间：2017-09-06 16:36:58

  有点道理

• 作者：董点先森 发布时间：2023-06-16 16:45:44

  强烈推荐给对MBA论文完全没概念的你。讲得很细致。思路有了，论文不就来了么。

• 基因组的暗物质

  作者：岂能无怪哉 发布时间：2023-05-15 18:54:10

  非编码序列在基因组中所占的比例之高，完全可以用令人震惊来形容。科学家早就知道有的DNA序列是不编码蛋白质的，并对此抱有预期。可在人类全基因组序列公布的那一刻，他们不得不面对一个令人迷惑又为难的问题：如果蛋白质对细胞来说真的这么重要，为什么编码蛋白质的DNA序列只占2%。

  曾经科学家们无法解释为什么我们的基因组中有那么多不编码DNA序列，所以他们提出了“无用”DNA这个概念。但这样的处置方式显然越来越站不住脚。

  科学家曾想在DNA的层面上寻找并解释人类与其他生物的区别，但随着研究变得深入，他们逐渐意识到基因本身并不足以诠释那些差异。事实上，唯一与生物进化程度明显正相关的遗传因素是“无用”DNA的数量：越是复杂的生物体，“无用”DNA在其基因组中占的比例越大。

  

  因此，现在的问题是，如果“无用”DNA非常重要，那么它的功能到底是什么？如果它的功能不是编码蛋白质，那么它究竟在细胞里扮演了什么样的角色？

  有的“无用”DNA能在染色体内形成特殊的结构，防止染色体因结构变得松散而受损。也有一些“无用”DNA会参与细胞分裂的过程，它们的功能是作为锚定点，保证每个子细胞获得的染色体完全相同。还有一些“无用”DNA充当染色体内的隔离带，它们的功能是让转录活动局限在特定的区域内。

  有些“无用”DNA的另一项重要功能是调节基因的表达，在某些情况下，这项功能对生物个体产生巨大且显著的影响。

  DNA元件百科全书（ENCODE）计划是一个旨在鉴定人类基因组功能元件的倡议

  ，该计划的先导项目仅仔细研究了1%的基因组，使人们对DNA序列的本质和进化有了初步了解。大约半数的功能元件看起来比预期能够更自由地改变序列，这对生物学相关的DNA抵抗改变的观点提出了挑战。大多数的DNA被转录成RNA，这个发现颠覆了我们把基因组看作是相当少量且分散的基因位于大量不活跃的“无用”DNA之间的通俗认识。

  ENCODE计划旨在利用高通量方法对人类基因组所编码的功能元件进行鉴定和分类，进而提供人类基因组更加具有生物学信息的表征。

  在该计划的先导阶段，35个课题组贡献了超过200个实验和计算数据集，以前所未有的详细度研究了人类基因组特定的29,998千碱基（kb）区域。

  

  ENCODE中使用的实验技术类型总结

  2012年9月5日，总计30篇论文同步发表于《自然》（Nature）、《科学》（Science）、《基因研究》（Genome Research）等杂志上。这是ENCODE第一次公布研发成果，并且是全球同步公告。

  ENCODE的科学家分析了将近150中不同类型的细胞，探查到了人类基因组的多种特征。

  ENCODE通过综合各种研究的数据，计算出了功能序列在基因组中所占的比例，其中包括他们研究过的RNA分子。功能性的RNA分子有两种，分别是编码蛋白质和不编码蛋白质的RNA，后者就是我们介绍过的各种“无用”RNA。“无用”RNA分子有大有小，小到几十个碱基，多大数千个。除了RNA分子，ENCODE还以序列带有的标贯遗传修饰作为依据，因为有的表观遗传修饰通常存在于有功能的序列上。其他的方法还包括寻找特征性的环状结构。另外，也有人根据特定的物理学特征甄别基因组的片段是否具有功能。

  在对那些通常情况下与调控序列有关的物理特征进行分析后，研究人员总结认为，

  这些调控序列的激活与关闭情况同样因细胞而异，而且它们反过来决定了细胞的类型。

  这也说明了，每种细胞能根据各自的需要，对基因组的调控序列潜力善加利用。

  

  最令人吃惊的一组数据显示，超过75%的基因序列都能被细胞转录成RNA，如果没有，那只是时间或细胞类型问题。这个比例相当惊人。在对编码蛋白质的信使RNA和长链非编码RNA进行比较后，研究人员发现了二者在表达上的一个主要差别。就研究的15种人类细胞系而言，在所有细胞系中都表达的信使RNA的比例远高于所有细胞中都表达的长链非编码RNA的比例。

  整体而言，ECCODE联盟发表的论文和公布的数据将人类的基因组描绘成非常活跃的模样——“无用”DNA就像一座信息和指令的巨大宝库。

  但实际上针对这些结论也有一些质疑，质疑者提出，这些数据最多只表明相关的序列有作为功能性区段的潜力，同时有批评者担心，过于灵敏的检测技术放大了基因组的“背景噪音”。但实际上这也可能是因为我们的检测技术还不够敏感，我们的技术水平还没有高到能单独对一个细胞内的RNA进行分析，所以只能圈定复数个细胞，检测所有细胞的RNA，然后再用平均数估算每个细胞里的RNA分子的数量。

  

  随着对“无用”DNA研究的深入，我们越来越能够认识到，

  我们不能用简单的线性思维来看待细胞，任何发生在细胞内的现象都是多条通路环环相扣的结果

  。争论“哪种因素对基因组来说最重要”注定是白费力气。

  一段DNA序列可以同时包含一个编码蛋白质的基因、若干长链非编码RNA、小RNA、反义RNA、剪接信号、非翻译区、启动子和增强子；在这些基本的结构之上，还有DNA序列的个体差异、固定或随即的表观遗传修饰、可变的三维构象，以及RNA和蛋白质分子与基因组结合产生的效应；最后我们还要考虑瞬息万变的环境因素。

  只需要认真想一想基因组有多复杂，就不会奇怪我们为什么还没有对它知根知底。在人迹未至的黑暗中，总有新的事物等待我们去学习。

• 风雨如晦，鸡鸣不已

  作者：坦子 发布时间：2013-06-02 02:02:35

  “风雨如晦，鸡鸣不已”出自《诗经》，本意是风雨交加天色昏暗的时候，雄鸡依然啼叫不止。在这里，将这句话比喻儒家思想熏陶下中国的“士”，则是十分恰当。《论语》中说“直哉史鱼！邦有道，如矢；邦无道，如矢。”史官如此，“士”也是如此。

  《士与中国文化》论述的士和文化的关系，进一步说，是“士”和“道”的关系。而“士”的内在实质其实差不多是现代的知识分子，或者知识人，其内涵没有发生太多的变化。而其外延，却一直随着社会形态的变化发生着改变。“道”也如此，它既是“天道”，也可以是“人道”，可以是“政道”，也可以是其他的承载着规律性或哲理性的思索。孔子说：“士志于道。”则将“士”这个群体从此与中国的“道”捆绑在了一起。

  这本书大致分为五大部分，第一部分，介绍“士”一词的起源，本义，并告诉我们在古代早期“士”由低微的贵族，逐渐演变成庶民，以及“士农工商”四民社会格局的奠定才最终赋予了“士”延续至今的本质含义。第二部分，主要以汉代的循吏为切入点，阐述了代表着“士”的循吏身上的双重身份，即治理政务的“吏”的身份，以及主动教化的“师”的身份。在这里，余先生告诉我们，其“师”的身份并不是中央要求和规定的，而是一种自觉的现象，这里，我们必须引起重视，循吏的自觉的教化，甚至更加认同“师”的身份，这都证明，士和中国文化之间，有着一种自然的承载关系。第三部分，主要讲了魏晋时期的士人“自觉”和社会“自觉”的两个现象，来论证“礼”和“情”的一种对立统一，这时的士依附于士族社会，并且更加的重视着个性发展和人格精神独立自由。第四部分是从唐宋到元明时期，儒学添加进了新的元素，并在道教和禅宗影响下发生着变化，导致士志于道中的“道”逐渐由一种政治上的功用转化为一种社会功用。第五部分，着重介绍了明朝的士人与商人的关系，士而商，或者商而士，四民社会的格局发生变化，以前最被轻视的“商”在此时跃居到第二位，并在社会地位和价值上有了很大的突破。第五部分，是对本书的一个总结，当然，本书由十二个部分，是一部集合而成的论文集，也有一些小的论点，不再一一论述。可能在逻辑上有不连贯的地方，但总体脉络还是十分清晰。

  作为一部大部头的学术著作，这本书有太多令人称道的地方。余先生渊博的学识，扎实的论证，以及中西思维的交汇，治学的严谨和谦虚都让我叹服。

  这段时间，我总是在思考着怎么去选择一个题目，怎么去切入。这本书在选题上从一个我们都一看就能认同的角度出发，士和中国文化，似乎总可以给人们最大的认同，远比官与中国文化，文人和中国文化要有更大的接受群体。其实，在每个读书人或者知识人的思维里，都能接受古代的“士”代表着中国文化的传承。当然，余先生选择的切入点也是十分的新颖，他没有进行笼统的概说，却从典型的朝代中选取了最能代表“士”的典型人物或群体，或者与之有着密切关系的阶层出发，对“士”和“道”关系进行了缜密的论述。

  其次，余先生对于儒教的“内治”和“外治”的两个程序的解读也是十分的新颖，“内治”代表着对于自己的修身的要求，“外治”代表着对于人民的“先富后教”的程序。他认为，“内治”和“外治”界线一旦混乱，便会产生可怕的社会后果。在古代历史上确实如此，将对于自己的修身的要求苛责到社会上每一个人身上，这才产生了吃人的礼教。此外，对于四民社会内部秩序的变化，也让人大为赞叹。我们以前接受的知识都是笼统的说，在封建社会，经济基础决定了“重农抑商”。可是余先生指出，在明代商人的阶层已经跃居四民第二位，并有了很高的社会地位。他通过详实的文献证明了这一社会现象，也并没有精确度的指出原因和具体的时间。我觉得这个地方可以继续深入探讨，但是其在没有研究论证出来之前绝不妄言的态度，实在值得学习。

  这本学术著作，有着极高的理论深度，因此，读起来还是有些吃力，也有些枯燥。读完之后，有两点感受和疑惑。第一，“士”这种以“道”为己任的思想会不会导致一种“道”或者是文化话语权的一种专制。既然，道统的正统性掌握在自己的手中，那么其他群体和阶层会不会因此而丧失话语权。同样的，“士志于道”，会不会也让其他阶层免于承担很多本该承担的任务，比如文化的传承，社会的批判，社会的教化，这些本属于政府的义务被“士”主动分担之后，政府在思考这些问题时是不是就会产生缺失。而承担者教化和传承，会不会让下层民族在文化学习的自学上很难突破，甚至在社会批判中也不需要发出声音而导致公民意识的落后呢。其次，这本书让我比较疑惑的地方是没有详细介绍科举，这一古代取士的主要途径，毕竟取士的依据也是中国文化里很重要的一部分。

  总之，士的精神也是中国文化特有的精神，从古代的士到如今的知识人，“志于道”的理想和义务一直没有改变，“风雨如晦，鸡鸣不已”不仅是说古代，也是说现在，更是在诉说着未来。