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编辑推荐

EDITORREMEND

• 作者：jolly 发布时间：2019-11-03 12:38:41

  做的时候还好，考的时候倒感觉难了。

• 作者：炎翅膀 发布时间：2012-12-18 11:07:45

  挺好的，有半本书的案例

• 作者：天地无用 发布时间：2013-12-26 10:44:29

  里面一些训练的方式很有趣

• 作者：金波 发布时间：2016-11-03 08:55:52

  第一本两天翻完的教材，写的很好。

• 作者：glora 发布时间：2021-03-31 15:47:56

  不太喜欢这个系列

• 作者：魔云兽 发布时间：2013-12-26 15:40:13

  这是一本好的没法评论的书。因为我自己水平实在不够格。但是阅读的过程中吸取了非常多的养分。

• 基因组的暗物质

  作者：岂能无怪哉 发布时间：2023-05-15 18:54:10

  非编码序列在基因组中所占的比例之高，完全可以用令人震惊来形容。科学家早就知道有的DNA序列是不编码蛋白质的，并对此抱有预期。可在人类全基因组序列公布的那一刻，他们不得不面对一个令人迷惑又为难的问题：如果蛋白质对细胞来说真的这么重要，为什么编码蛋白质的DNA序列只占2%。

  曾经科学家们无法解释为什么我们的基因组中有那么多不编码DNA序列，所以他们提出了“无用”DNA这个概念。但这样的处置方式显然越来越站不住脚。

  科学家曾想在DNA的层面上寻找并解释人类与其他生物的区别，但随着研究变得深入，他们逐渐意识到基因本身并不足以诠释那些差异。事实上，唯一与生物进化程度明显正相关的遗传因素是“无用”DNA的数量：越是复杂的生物体，“无用”DNA在其基因组中占的比例越大。

  

  因此，现在的问题是，如果“无用”DNA非常重要，那么它的功能到底是什么？如果它的功能不是编码蛋白质，那么它究竟在细胞里扮演了什么样的角色？

  有的“无用”DNA能在染色体内形成特殊的结构，防止染色体因结构变得松散而受损。也有一些“无用”DNA会参与细胞分裂的过程，它们的功能是作为锚定点，保证每个子细胞获得的染色体完全相同。还有一些“无用”DNA充当染色体内的隔离带，它们的功能是让转录活动局限在特定的区域内。

  有些“无用”DNA的另一项重要功能是调节基因的表达，在某些情况下，这项功能对生物个体产生巨大且显著的影响。

  DNA元件百科全书（ENCODE）计划是一个旨在鉴定人类基因组功能元件的倡议

  ，该计划的先导项目仅仔细研究了1%的基因组，使人们对DNA序列的本质和进化有了初步了解。大约半数的功能元件看起来比预期能够更自由地改变序列，这对生物学相关的DNA抵抗改变的观点提出了挑战。大多数的DNA被转录成RNA，这个发现颠覆了我们把基因组看作是相当少量且分散的基因位于大量不活跃的“无用”DNA之间的通俗认识。

  ENCODE计划旨在利用高通量方法对人类基因组所编码的功能元件进行鉴定和分类，进而提供人类基因组更加具有生物学信息的表征。

  在该计划的先导阶段，35个课题组贡献了超过200个实验和计算数据集，以前所未有的详细度研究了人类基因组特定的29,998千碱基（kb）区域。

  

  ENCODE中使用的实验技术类型总结

  2012年9月5日，总计30篇论文同步发表于《自然》（Nature）、《科学》（Science）、《基因研究》（Genome Research）等杂志上。这是ENCODE第一次公布研发成果，并且是全球同步公告。

  ENCODE的科学家分析了将近150中不同类型的细胞，探查到了人类基因组的多种特征。

  ENCODE通过综合各种研究的数据，计算出了功能序列在基因组中所占的比例，其中包括他们研究过的RNA分子。功能性的RNA分子有两种，分别是编码蛋白质和不编码蛋白质的RNA，后者就是我们介绍过的各种“无用”RNA。“无用”RNA分子有大有小，小到几十个碱基，多大数千个。除了RNA分子，ENCODE还以序列带有的标贯遗传修饰作为依据，因为有的表观遗传修饰通常存在于有功能的序列上。其他的方法还包括寻找特征性的环状结构。另外，也有人根据特定的物理学特征甄别基因组的片段是否具有功能。

  在对那些通常情况下与调控序列有关的物理特征进行分析后，研究人员总结认为，

  这些调控序列的激活与关闭情况同样因细胞而异，而且它们反过来决定了细胞的类型。

  这也说明了，每种细胞能根据各自的需要，对基因组的调控序列潜力善加利用。

  

  最令人吃惊的一组数据显示，超过75%的基因序列都能被细胞转录成RNA，如果没有，那只是时间或细胞类型问题。这个比例相当惊人。在对编码蛋白质的信使RNA和长链非编码RNA进行比较后，研究人员发现了二者在表达上的一个主要差别。就研究的15种人类细胞系而言，在所有细胞系中都表达的信使RNA的比例远高于所有细胞中都表达的长链非编码RNA的比例。

  整体而言，ECCODE联盟发表的论文和公布的数据将人类的基因组描绘成非常活跃的模样——“无用”DNA就像一座信息和指令的巨大宝库。

  但实际上针对这些结论也有一些质疑，质疑者提出，这些数据最多只表明相关的序列有作为功能性区段的潜力，同时有批评者担心，过于灵敏的检测技术放大了基因组的“背景噪音”。但实际上这也可能是因为我们的检测技术还不够敏感，我们的技术水平还没有高到能单独对一个细胞内的RNA进行分析，所以只能圈定复数个细胞，检测所有细胞的RNA，然后再用平均数估算每个细胞里的RNA分子的数量。

  

  随着对“无用”DNA研究的深入，我们越来越能够认识到，

  我们不能用简单的线性思维来看待细胞，任何发生在细胞内的现象都是多条通路环环相扣的结果

  。争论“哪种因素对基因组来说最重要”注定是白费力气。

  一段DNA序列可以同时包含一个编码蛋白质的基因、若干长链非编码RNA、小RNA、反义RNA、剪接信号、非翻译区、启动子和增强子；在这些基本的结构之上，还有DNA序列的个体差异、固定或随即的表观遗传修饰、可变的三维构象，以及RNA和蛋白质分子与基因组结合产生的效应；最后我们还要考虑瞬息万变的环境因素。

  只需要认真想一想基因组有多复杂，就不会奇怪我们为什么还没有对它知根知底。在人迹未至的黑暗中，总有新的事物等待我们去学习。

• 总会离开，所以抓紧现在

  作者：不系之舟 发布时间：2023-02-27 13:28:11

  《学会告别》的作者同时也是《最好的告别》的译者，后者作为经典畅销书籍已然揭示了临终前的过度医疗对患者人格尊严和自主性的打击损害，对于缺乏死亡教育的中国读者来说是正视死亡的垫脚石。然而《最好的告别》始终是更侧重于美国医疗环境下的科普读物，美国和中国的人均医疗资源仍有明显的差距，对医疗行为的认知也并不在同一个阶段（经历过高峰之后，美国目前在医院死亡的人数已经下降到20%左右，而我国在医院死亡的人数正处于增长期），其中更掺杂着中国社会舆论对亲属放弃临终医疗的较复杂的道德压力，我们仍然迫切需要一场立足于我国国情的死亡教育，告诉我们面对无可避免的“死亡”这件事，可以更好地做些什么。

  波伏瓦在《安详辞世》中追忆母亲从患病到逝去的过程，其深情、克制的文字却让读者为之心碎。其中反复出现的对病患进行病情隐瞒、即使没有治愈希望也仍旧采取积极甚至激进的创伤性医疗手段，这些至今仍然司空见惯。虽然明知会导致患者更加痛苦，然而我们习惯了“延长生命”，尽管这看起来更像是在“延长死亡”，面对患者和家属的期待，医生同样难以启齿那句“没有办法了”，我们大多数人甚至没有听说过何为善终治疗，同样也大多不了解国人一生中在健康方面的投入有大约80%是花在了临死前一个月的治疗上。我们自问不愿意在临终前浑身插管被喂饲营养以暂缓死亡，但会将此作为“孝”来赠予亲人；我们有勇气让亲人承受无谓治疗的痛苦，然而我们无法直面内心真正的责任——归还病患本该有的自主、自尊和体面。

  作者本人曾在医院图书馆长期工作，接触大量病情咨询同时也翻译了许多海外医学科普著作，本书正是结合了作者家人的亲身经历、所接触过的病例以及海外学者前沿研究所撰著而成，并反映了作者相当的死亡观，对于何为善终、如果善后、怎样定义死亡等问题作者都给出了非常充分的讨论和建议。

  我们每个人都有可能“医疗地”、“技术地”生存而非生活着，如果我们能够提前做好临终规划，不仅规避了无谓的过度医疗，也可以避免将医疗决策交由亲属、对亲属造成的心理负担。我们之所以有充分认知和思考死亡的需要，正是因为死亡是不可避免的、客观的，但同时我们也可以给死亡加以自己的定义，死亡可以是博尔赫斯那句“就像水消失在水中”，死亡也可以是“战斗结束了，完成了”，正因为死亡给生命设了不可跨越的限度，人类才有驱动力在有限的生命里创造更多难以复制的奇迹，才愈发珍惜生命的尊严、喜悦、万般体验。